时局步入五月，国内局势愈发扑朔迷离起来。
4月24日晚夜十时，南京城中驻扎丁家桥的原张勋旧部整编之赣军忽纵火焚屋，旋即分队出劫，共计两支约三千人，一支向花牌楼，一支趋下关。出营放枪一排，即挨户抢掠，酿成‘南京兵变’。是时南京留守黄兴闻变，即派兵整队前往放枪堵截，一面飞报各军一律戒严，由沪军驻守花牌楼，阻其南向，粤军蹑其后，包围痛剿。至凌晨时分，在姚雨平、王艺祥、洪承点、杜淮川、陈懋修所部协助之下，黄兴成功协拿作乱士兵，总在三四百名左右。第二日南京兵乱天下皆知，前有苏州二次兵变导致江苏都督程德全被刺，现又有南京军变，国内心中对于北京中央督促地方收束兵权之事更是上心，一时之间举国皆是要求地方收束兵力之声音。这么好的借口袁世凯当然不会放过，当下借口南方兵籍混杂，恐再生变祸及百姓，两日之内发动内阁各部先后通电南京留守府，以势胁迫对于裁兵之事出工不出力的黄兴尽快完成南方裁兵之事！
4月25日，入陕川鄂新军第十四师宣布陕西局势已定，将所掌握之西安、陕南部分地区移交张宝麟。十四师退往汉中，仍占山阳、镇良等地。同一日，正在郧阳等候多日的川鄂矿产勘探队在补给队的护送下往陕西而去，他们的目标是山阳、镇良地区，传为当地有山民发现含铁矿石，地下可能藏有巨量铁矿！两日后，胡玉珍令第二十八旅镇汉中，军政府下令第十四师常驻郧阳府。
4月28日，因辛亥革命而停顿的清华学堂，本日重新开学，学生返校者362人。第二日，同盟会本部迁往北京。
四月的最后一天，川鄂情报司河南分部传来消息，已经抵达开封的孙中山先生等人密会数位日本人，三日后确定由孙先生、豫督唐牺支等亲自陪同几个日本人往洛阳考察，目的不明。又两日后情报司河南分部传来加密情报，已探到同盟会将与日本人合作，于洛阳巩县建立一座兵工厂。合约即在四日后秘密签订，具体内容尚不得知，只晓得涉及金额高达两百七十四万日元。
5月10日，在教育部总长蔡元培的牵头之下，京师大学堂改名为北京大学校，严复任校长。全校分文、法、商、农、工等科，学生增至近九百人。
两日后，刚刚搬迁至北京的临时参议院议决改革方案，宣布中华民国国会将采取两院制，定名为参议院和众议院。同日，新上任的参议院议长吴景濂被推选为参议院议长，同时参议院休会，预定将在两日后推选众议院议长。
这场众议院议长之选本该没有任何波澜的，因为参议院议长吴景濂之所以能在北京政府成立之后就任参议院院长，完全是他跟其背后的东北势力同同盟会之间做的一笔交易。当时袁世凯为防同盟会元老林森继续把持参议院，使参议员成为攻击他的工具，于是加紧收买各地立宪派、部分意志不坚定的同盟会成员，欲要将林森从议长位子上拉下来。南京在收到了风声之后便立刻有了动作，先是在地方不少问题上同各地的同盟会分级机构妥协，希望能够获得各省同盟会籍议员的支持。与此同时在蓝天蔚的帮衬之下，南京又同正在谋求议长之位的前任东北奉天咨议局议长吴景濂达成协议，制定了参议院两府计划，给老袁来了个金蝉脱壳。
于是四月林森果然在参议院北迁之后遭猜忌下位，不过令袁世凯没有想到的是，当时不少同盟会籍成员都将选票扔给了吴景濂，导致他欲扶持的心腹以较大的劣势没能获得参议院议长之位。
论起耍手段来老袁自然不在人下，很快参议院传出欲要效仿欧美实行两府化计划之后，他便隐隐发现了其中的不对，果然5月12日参议院改革草案出来前，他花重金收买了一位同盟会籍议员，自他口中敲出了吴景濂同同盟会之间的合作，欲要自立为参议院议长，而将众议院议长之位让与林森。一旦同盟会元老林森重新就任众议院议长之后，则他短时间之内必然不能再次质疑参议院的权威，胁迫林森下位。
到时候有了上一次的下课警告，加上同盟会籍议员又在参议两院占了大头，届时他再欲要控制参议两院，需要消耗的精力可就要比现在多出几倍了！
正是因为心中有了这种担忧，袁世凯招募幕僚思考了数日之后，最终在参议院有关新众议院议长选举出台之前，由他亲自以民国临时大总统身份，绕开参议院直接任命--川鄂联合军政府议长汤化龙为众议院院长！
他却是走了一步好棋，甚至不惜将自己那已经被削弱了不少威望的临时大总统身份祭了出来。此任命一出，顿时掀起了滔天巨浪，尤其引起参议院的强烈反对！
事实上，随着民国各地军事的基本上结束，几股势力的剧烈斗争正从原来的战争手段逐渐的转向更加黑暗且龌龊的政治.斗争。其中人员混杂又在民国建立之初被赋予了极大权力的参议院更是其中这么一处战场。早在四月初，参议院刚刚北迁之后，便围绕着参议院议员的所谓“民间选举参议议员”与“各省势力委任代表”闹起了风波。以前任议长兼浙江籍议员汤尔和以及帮助袁世凯起草了清帝退位诏书而获得了其青睐的江苏籍议员楊廷楝为首的立宪派议员大肆攻击原籍（南京临时政府时期任命）议员，理由是理由是这些议员绝大多数系“官派”，不能代表真正民意。要求全部更换为“民选”议员。实际上背后却是因为党人出身的议员占了参议院的多数席位，以至于无论是代表着中央的袁世凯还是在地方拥有大威望的地方立宪派都比不上他们的席位。
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