接踵而来的问题，显示出杨寰宇把这次的南北和谈想简单了。过去，在段祺瑞统筹一切的时候，杨寰宇一直就是侧重军队的训练和发展。到后来在北方独树一帜，虽然开始涉足行政和政治，可北方特区在机构设置上还是相对简单，大部分的管理工作，都是下面的省市县的官员们在具体经办。杨寰宇把辖区分成四个警备区之后，差不多当起了甩手掌柜。在军队中也是一样，有着一批心腹将领分别统领着军队，加上他对于徐树铮、阎锡山、吴佩孚、徐庭瑶的充分信任和放权，中间有参谋长杨爱源居中协调。所有的事情几乎都是他们办掉了，杨寰宇更多的时间，都用在了上报的各种文件的审批和圈阅上了。
可南北一旦和谈，这样的运作模式显然是无法运作下去的。不说南京方面这些人是不是会心甘情愿老老实实的做事，就算是，杨寰宇刚完全信任吗？况且，随着以后各种政党的逐步增加，不管政府系统还是军队系统，人员都注定会越来越复杂。一想到这些，杨寰宇就会不知不觉的怀念起段祺瑞执政时的时光，不用他操这么多的心。看来还是得想办法笼络更多的人才来为自己服务才成。
眼下，军队的结构再次面临调整，至少总部的结构是必须调整了，不然，眼下的人就没法安排。前世的时候，杨寰宇也不止一次的抱怨过总部的机构臃肿，常常办一件事要多个部门跑断腿，现在，当他坐在这个位置上，他才发现，有时候这也是挺无奈的选择。
在与徐树铮、杨爱源两个鼓捣了三天之后，杨寰宇定下了一个初步方案。和平时期，继续沿袭军事委员会制度，在军委会下设总参谋部、总后勤部、总装备部和总政治部四个总部，这是杨寰宇照搬前世的PLA的总部架构。从军种上分别设立陆军司令部、空军司令部、海军司令部、装甲炮兵司令部和特种部队司令部五大司令部，分设五位司令官。另外，设立九大军区，除北方原有的奉天、库伦、张家口、乌鲁木齐、成都五大警备区改称军区外，增设武汉、南京、广州三个军区，另外中东设立中东特别军区。
原则上，四总部、五大司令部和九大军区的级别持平。也就是说，这十八个部门的主官，在级别上是相同的，在军衔上，同为上将军衔。另外增设元帅军衔，为军事委员会委员长专设军衔。总统虽然兼任武装部队总司令，但不设军衔，除非在同时担任军事委员会委员长才能授予元帅军衔。和平时期，军队不设军级编制，最大部队建制就是师。战时，根据需要，设立军级和集团军级编制。这十八位军事主官，就是当然的军事委员会委员。
这样一来，在和平时期，做为军队基础的师级建制，就形成一种四总部和兵种司令部以及大军区相互交叉的管理体系。互相牵制，互相监督。当然，战时有战时的机制。确立了这样的军队体系，职位就变得容易安排了。
搞成这样的一个军队体系，其中是包含着杨寰宇的一些小心思的。那就是，总统他随时可以让出去，但军权他绝对不会让，这也是不给总统这个总司令设立军衔的目的。杨寰宇实在是不想被行政事务困住手脚，真要趁他的心，他依旧喜欢过去段祺瑞时期的那种模式，军队自成体系，只是现在的情况不允许再这样做而已。
四总部的架构里，杨寰宇打算让吴佩孚出任总参谋长，而其它几个原北方特区的警备司令他都不打算换。这样一来，原来的总后勤部就必须拆开，把原来的总后勤部拆分成总后勤部和总装备部两块之后，军工这一块就与原来的总后勤部分开了，做为总装备部的部长，杨寰宇准备的人选是李卫季。只有把总装备部握在手里，他才不用再担心他的秘密的泄露，无疑基地提供的这几个人才是最能掌控这些机密的人选。
随着新的军队架构的出台，对杨寰宇安排南京政府方面的军队人员，也有了充足的余地，总政治部、总后勤部、陆军司令、库伦军区以及新设立的武汉、南京和广州军区司令，这些职位杨寰宇可以任蒋志清挑选。至于其它的职位，基本上都有了人选，海空军司令以及乌鲁木齐、张家口、奉天、成都、中东几个军区，司令官本来就已经有人在职。装甲炮兵司令和特种部队司令杨寰宇也有确定的人选，分别是杨爱源和姜大柱。
对于北方方面给出的军队职位，蒋志清自然有些失望。不过他知道，要是按北方方面对军队结构的设计，他眼下也只能捏着鼻子认下了。一人之下，十八个人平级，让他真的无话可说。选来选去，他选了军委委员陆军司令的职位，因为他觉得，做为兵种司令官，如果有战事，手里的权利肯定会大于四总部和军区司令。
经过半年的谈判，到1932年的5月，南北双方终于达成了一致。华夏在经历了三年的实质上的分裂之后，再次形成了统一。相对与1929年分裂之前，这次的统一不是建立在武力的基础上，而是建立在经济的基础上。从某种程度上来说，既是进步，又是倒退。
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